داستان بازی Injustice 2 داستان بازی Injustice: Gods among Us را دنبال می‌کند. بر خلاف بازی قبلی که به مبارزه میان چند دنیای موازی می‌پرداخت، داستان Injustice 2 تنها به یک دنیای موازی ویران‌گرایانه تمرکز دارد. به گفته دومینیک سیانچیولو، کارگردان سینمایی بازی Injustice: Gods Among Us گفته است که داستان قسمت اول، اساس محکمی برای معرفی کاراکترهای جدیدتر به دنیای بازی Injustice فراهم کرده است.

چالش بزرگ‌تر این بوده که بدون تکرار کردن نبرد بتمن و سوپرمن، داستان بزرگ‌تری برای بازی Injustice تعریف شود. به همین دلیل، در قسمت دوم Brainiac به عنوان شریر اصلی بازی معرفی شده و کاراکترهای دیگری در دنیای DC نیز هستند که می‌توانند در برابر سوپرمن دیکتاتور قد علم کنند.