داستان بازی Wolfenstein 2 در سال ۱۹۶۱ و جایی شروع می‌شود که ویلیام جی. بلازکوویچ (William J. Blazkowicz)، شخصیت قهرمان داستان بعد از جنگ با Wilhelm “Deathshead” Strasse دچار جراحاتی شده است و در یک یوبوت به نام Eva’s Hammer استراحت می‌کند. این یوبوت در گذشته توسط ویلیام BJ برای گروه Kreisau Circle دزده شده بود. بلازکووچ بعد از جنگ پیشین به شدت مجروح شده و مدتی را نیز در کما بوده و حالا کاملا ناتوان شده است. او زمانی روی تختش به هوش می‌آید که Frau Engel به همراه افرادش به مقر آن‌ها حمله کرده‌اند.